Terveydenhuollossa kohdattavat CBRNE-uhat liittyvät esimerkiksi vaarallisten aineiden kuljetuksiin, niiden käyttöön, hallussapitoon ja säilytykseen. Kemikaalionnettomuustilanteita voi syntyä kemianteollisuuden tuotantolaitoksissa, kemikaalien varastoinnissa sekä vaarallisten aineiden maa-, ilma- ja vesikuljetuksien yhteydessä.  Varautumistoimenpiteet ovat pääsääntöisesti samat riippumatta siitä, onko kyseessä tahaton tai tahallinen tilanne. Joka kolmanteen onnettomuuteen liittyy tulipalo tai räjähdys, jotka voivat aiheuttaa myrkytysoireiden lisäksi palovammoja ja mekaanisia vammoja.

Terveydenhuolto muodostaa ensivasteen rajapinnan yhdessä pelastusviranomaisten kanssa. Kaikkien sairaaloiden, joissa on päivystysosasto, pitäisi pystyä puhdistamaan altistuneita uhreja. Varautumisen lukumääräinen vaatimus voidaan ilmaista potilaina tunnissa, ja se lasketaan käyttämällä kaavaa, joka perustuu kunkin sairaalan vuosittaiseen potilaskäyntimäärään päivystysosastolla. Esimerkiksi suurten keskussairaaloiden, joiden potilaskäyntimäärät ovat 100 000, tulee varautua noin 100 altistuneen henkilön puhdistamiseen ja oireen mukaiseen hoitoon.